根據科技部相關文件要求，實驗室制定了開放課題管理辦法和課題申請、審批、立項、結題制度，并通過年度檢查、結題驗收等環節控制課題的執行和完成質量。實驗室每年通過實驗室網站發布申請指南，每年下半年經公開申請、每年年底實驗室學術委員會評審等程序確定支持對象。開放課題主要支持非依托單位的研究人員，重點支持具有博士學位的中青年學者。實驗室開放課題資助金額一般為5萬元，重點課題10萬元。

2008-2018年，實驗室共批準開放課題127項，其中國內課題103項，國外課題24項。目前在研開放基金課題36項。